В то же время следует отметить, что поголовье собак на американском континенте не было одинаковым. Коренные собаки Америки сильно отличались от своих собратьев в зависимости от мест своего обитания. В общем, их можно условно поделить на три большие группы:
- Североамериканские собаки;
- Собаки Центральной (равнинной) Америки;
- Южноамериканские собаки.
Другая классификация предполагает деление индейских собак на три основных типа:

- Собаки большого размера. К этому типу относятся все волкоподбные ездовые собаки северного типа;
- Собаки среднего размера. Эти собаки самые распространенные. К этому типу относятся все койотоподобные центральной Америки;
- Собаки малого размера. К этому типу относятся собаки южной Америки.
Коренные собаки северных территорий
Эти собаки были волкоподобными, отличались примитивным типом, близко напоминающим современных норвежских лосиных собак и маламутов.
Одно из самых ранних сохранившихся описаний северных индейских собак датируется 1807г. В описании представлена собака сходная внешне одновременно и с современным сибирским хаски и с волком. Это была относительно крупная собака (приблизительный вес 35-40кг.) с очень плотным шерстным покровом. Именно такая собака была распространена у большинства северо-американских индейских племен, в первую очередь у ирокезов и канадских (лесных) индейцев.
Равнинные индейцы с большим уважением относились к койотам. Койот считался «божьей собакой», первым животным на земле, и он же, по верованиям индейцев, будет последним животным на земле. Койот был послан богом, чтобы помочь человеку узнать секреты природы и научиться выживать. Для повышения рабочих качеств своих собак индейцы нередко скрещивали их с койотами. Во время течки сук привязывали на окраине поселения для спаривания с койотами, поддерживая тем самым в будущем потомстве природные инстинкты диких зверей.
С приходом европейцев, вместе с истреблением индейцев в ходе завоевания американских территорий колонистами, началось и массовое уничтожение индейских собак. Их часто путали с койотами из-за большого внешнего сходства. Многие индейские собаки вторично одичали. Они стали спариваться с койотами. Это сегодня считается главной причиной существенного различия внешнего вида и размеров койотов на севере и юге США.
Коренные собаки южных территорий
Уникальных собак разводили индейцы Южной и Латинской Америки - ацтеки, майя, инки, на территории современных Мексики, Перу и Боливии. Со временем практически все эти собаки исчезли - прибытие европейцев в Южную Америку практически уничтожило их.
Причиной тому послужило тотальное истребление местных собак, как самими европейцами-завоевателями, так и привезенными ими собаками.
Испанские конкистадоры – первооткрыватели Америки, привезли с собой огромных боевых травильных псов – аланов, с помощью которых уничтожали американских индейцев, и обращали их в рабство. Разрушая цивилизацию ацтеков, инков и майя, испанцы не останавливались и перед истреблением местных собак, которые были для индейцев священными животными, и во множестве содержались местной знатью и жрецами. Из всех пород собак, культивировавшийся южно-американскими индейцами до нашего времени дожили лишь две чудом сохранившиеся: чихуахуа и мексиканская голая собака или Шолоитцкуинтли (Xoloitzcuintli) со своей разновидностью – перуанской голой собакой, ныне признанной самостоятельной породой.

Результаты современных исследований показали, что только эти породы коренных южно-американских пород собак сохранились в чистоте. Они и ныне являются исконной частью культуры коренных народов Южной Америки.